电子往来港澳通行证为参照有关国际标准设计制作的卡式证件，内部嵌有非接触式集成电路芯片，存储持证人个人资料及证件、签注签发管理信息，采用成熟的数字安全防伪机制进行保护，印制过程中还使用了多项物理防伪技术，防伪能力明显增强。电子往来港澳通行证启用后，往来港澳签注不再采取贴纸的方式，而是直接打印在证件背面(可以重复擦写)。内地和港澳地区口岸查验部门查验时不再加盖验讫章，签注使用情况由计算机信息系统记录管理，有需要的持证人可向内地及港澳地区主管部门查询签注剩余次数等信息。
根据《中华人民共和国出境入境管理法》的规定，经国务院批准，公安机关出入境管理部门对首次申请电子往来港澳通行证的16周岁以上(含)的申请人将采集或核验指纹，对16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定。留存指纹后，符合条件的持证人在通关时可以使用内地和港澳地区口岸的自助查验通道。对于希望使用港澳地区自助查验通道的申请人，只需在申请证件时签署《电子往来港澳通行证持证人免登记使用港澳地区自助查验通道声明》(未满16周岁的由监护人签署)，无须事先向港澳地区主管部门登记备案指纹信息，实现一次备案、三地自助通关。为确保持证人指纹信息安全，内地和港澳地区主管部门均建立了严密的管理制度，并采用多种技术保护措施，芯片中存储的持证人指纹模板信息无法被还原为原始指纹图像，只能用作判别人证同一性的依据。
此外，成人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。电子往来港澳通行证及签注的收费标准不变。电子往来港澳通行证启用后，仍在有效期内的现行往来港澳通行证(本式)及往来港澳签注(贴纸式)可以继续使用。持用本式往来港澳通行证的，可以继续申请贴纸式往来港澳签注，也可以申请换发电子往来港澳通行证。
公安部已于近日发布公告，通报了电子往来港澳通行证的有关情况及其申领使用的相关安排，具体可见公安部网站。
据了解，广东省公安机关出入境管理部门自2014年5月20日起开始试点签发电子往来港澳通行证。试点运行三个多月来，广东省公安机关出入境管理部门共签发电子往来港澳通行证超过198万张、签注逾318万次，受理、审批签发、制证以及内地和港澳地区的查验工作总体有序，口岸通关顺畅，为全国推广打下了坚实的基础。
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